Genômica funcional da bactéria diazotrófica Burkholderia tropica cultivada no líquido do apoplasto de cana-de-açúcar

Resumo

A produção de cana-de-açúcar tem crescido anualmente, o que aumenta o uso de insumos nitrogenados e uma alternativa para redução, seria o uso de bactérias fixadoras de nitrogênio. Algumas bactérias diazotróficas são endofíticas como a Burkholderia tropica que é encontrada nos tecidos internos de cana e pode se localizar no apoplasto, porém mecanismos da interação planta-líquido do apoplasto não são bem elucidados. Portanto, o objetivo do projeto é o estudo da influência do líquido apoplástico de cana na expressão gênica de Burkholderia tropica Ppe8 empregando a transcriptômica e proteômica. Para tanto, o líquido do apoplasto da variedade RB867515 com 12 meses, será coletado por centrifugação 10000g por 10 min. As bactérias serão crescidas em duas condições distintas: (1) Meio LGI líquido contendo sacarose (5 g.l-1) e em (2) Meio LGI líquido suplementado com 2% de líquido do apoplasto, incubados a 30C sob agitação. As células bacterianas serão coletadas na fase exponencial. RNA total das diferentes culturas será determinado por RNA-seq, RNA mensageiro será enriquecido pela remoção dos RNAs ribossomais, fragmentado, e empregados na construção de bibliotecas de cDNA que serão sequenciadas (SOLiD). As sequências serão mapeadas, normalizadas e, empregadas na análise de expressão diferencial. Extratos protêicos obtidas tanto do sobrenadante quanto das células bacterianas serão isoeletrofocalizadas, submetidas à segunda dimensão (SDS-PAGE), os géis serão corados, os spots detectados, as proteínas diferencialmente expressas removidas, tripsinisadas e identificadas em Maldi-TOF. Espera-se identificar genes e proteínas de Ppe8 envolvidos nos mecanismos de sinalização, reconhecimento e regulação de genes para o estabelecimento endofítico desta bactéria em cana.

Datas para apresentação: 15/10 ou 16/10